Setelah seksi 1, seksi 3 (Gamping-Purworejo) sepanjang 30,77 km ditargetkan beroperasi pada pertengahan 2023. Konstruksi seksi 3 yang sejajar dengan tanah (at grade) ini nantinya akan menyambungkan dengan Bandara Internasional Yogyakarta di Kulon Progo.